Program pelayanan GKI San Jose terbagi atas:
- Program Jangka Panjang (5 tahun)
- Program Jangka Pendek (tahun 2002)

Program Jangka Panjang
Yang mendasar Program Jangka Panjang kami diambil dari Efesus 4:12, "Memperlengkapi orang-orang kudus bagi pekerjaan pelayanan bagi pembangunan tubuh Kristus."
Maka sesuai dengan ayat tersebut, tema tahunan kami selama 5 tahun adalah:
- 1999: Mengenal Kristus
- 2000: Mengenal Pelayanan
- 2001: Mengenal Karunia
- 2002: Melayani Sesuai Karunia Rohani
- 2003: Pembangunan Tubuh Kristus
- 2004:
April 2005 - Maret 2008: Jemaat menjadi Keluarga Allah yang bertumbuh di dalam segala hal ke arah kepenuhan Kristus yang adalah Kepala.
- 2005: Jemaat menjadi Keluarga Allah yang Berakar
- 2006: Jemaat menjadi Keluarga Allah yang Bertumbuh
- 2007: Jemaat menjadi Keluarga Allah yang Berbuah